Flóra a fauna

V Indonésii je jedno z nejrozmanitějších přírodních prostředí, v němž žije neuvěřitelné množství různých rostlinných a živočišných druhů. Je zde přes 400.000 druhů rostlin tvořící 10% všech druhů rostlin na světě. Jednou z nich je i největší rostlina na světě, Rafflesia. Žije tu více než 500druhů savců , 1500 druhů ptáků a nezměrné množství hmyzu a jinak zajímavých zvířat, jako Varan, želvy a tisíce podvodních živočichů. Britský přírodovědec Alfred Wallace první rozdělil indonéské ostrovy na dvě zóny: západní, asijská ekologická zóna a východní, australská zóna. “Wallace Line“, která obě zóny dělí, vede mezi Kalimantanem a Sulawesi a na jihu mezi Bali a Lombokem. Později vědci toto rozdělení dále rozšířili, aby ukázali zřetelné rozdíly mezi ekologií Sulawesi a Maluku a dále mezi Maluku a Papuou.
Západně od Wallace line tvořili Kalimantan, Sumatra, Jáva a Bali kdysi dohromady asijskou pevninu a díky tomu v některých oblastech stále přežívají velcí asijští suchozemští živočichové, včetně slonů, tygrů, nosorožců a leopardů, a roste tu i hojná flóra včetně výskytu deštných lesů. Snad nejznámějším zvířetem v nich žijícím je orangutan (orang=člověk,muž a gutan=prales), tedy muž pralesní, velká zrzavá opice s dlouhými chlupy ze Sumatry a Kalimantanu.
Na východ od Wallace line leží Sulawesi, Nusa Tenggara a Maluku, které byly dlouho izolovány od kontinentální pevniny a tudíž tu vznikla unikátní flóra a fauna. Na východ od Lomboku se na vyprahlejších ostrovech Nusa Tenggara nevyskytují žádní velcí asijští savci a druhy savců jsou tu obecně menší a ne tak rozmanité. Zato na Nusa Tenggara žije jedno ohromné a proslulé zvíře, Varan komodský, neboli komodský drak, což je největší ještěr na světě žijící pouze na Komodu, ostrovu Rinca a jeho menší a světlejší druh ještě v severní části ostrova Flores, v Riungu.
Papua a ostrovy Aru byly kdysi součástí australského pevninského celku. V důsledku střetnutí australské a tichomořské desky vzniklo mohutné pohoří, které probíhá středem Papuy a odděluje spoustu unikátních prostředí, i když celkově je fauna velmi příbuzná té australské. Na Papui žijí klokani, vačnaté myši, krysy malabarské, vačice s kroužky na ocase, krokodýli a agamy okružnaté – všechna zvířata, která žijí v Austrálii.